R vegan包vegdist函数计算样方距离出现大量空白值问题求助

你遇到的不是距离矩阵不完整的问题，是显示层面的误解+样本过滤后的索引断层导致的假象，距离矩阵本身是正常生成的。

具体原因 #

• vegdist()返回的是dist类对象，本身仅存储下三角的非冗余距离值，默认打印时上三角区域就是空白的，这是该类对象的标准输出规则，不属于异常。
• 你执行的空样本过滤步骤data <- data[apply(data[,-1:-6],1,function(x) !all(x==0)),]删除了所有物种丰度全为0的行，导致数据集的行索引不再是连续序列（你贴出的输出列头可见跳过了4、6、9等序号），打印时为了对齐列名，会在对应已删除索引的位置留空，视觉上就像是下三角也存在大量空白，实际上这些位置对应的样本已经被剔除，没有对应的距离值需要展示，不属于数据缺失。
• 你看到的「后续行大量空白」是R默认打印上限的限制，提示信息已达到getOption("max.print")设置的打印上限已经明确说明只是没有打印完整，不是矩阵本身没有对应数据。

验证方法 #

你可以通过以下操作确认矩阵无异常：

1. 运行any(is.na(data.bray))，如果返回FALSE就说明距离矩阵没有缺失值，生成完全正常。
2. 运行as.matrix(data.bray)可以将dist对象转为完整的对称矩阵，你可以随机抽查任意两个样本的距离值，比如as.matrix(data.bray)["5","13"]，都会返回有效数值。

关于大量0值和稀有物种的说明 #

这些数据特征不会导致距离矩阵生成失败，你输出中出现的大量0.00000000是数据本身的特征——说明对应两个样本的物种组成完全一致，属于正常结果。如果需要减少这类情况，可以先过滤掉仅在极少数样本中出现的稀有物种，再计算距离即可。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者CuriousDude