R中用boot、envelope包做逻辑回归参数自助法绘制置信区间问题排查

你代码的核心问题是预测输出的尺度不统一，具体错误点和修正方法如下：

• 核心错误：尺度不匹配
  你在自助法统计量函数f1中调用predict(res, newdata=data2)时，没有指定type参数，逻辑回归的predict.glm默认输出的是link尺度（也就是对数几率值，取值范围为全体实数），但你后续绘图时用的拟合线YP是指定了type='response'输出的概率值（取值范围0~1），两者尺度完全不同，因此画在同一张图上会出现完全不符合预期的结果。
  这也刚好解释了你说的「相同流程处理线性回归场景时一切正常」的现象：线性回归的link函数为恒等函数，predict默认输出的link尺度结果就是响应变量本身的尺度，不会出现不匹配问题，但逻辑回归的link是对数几率转换，和原始0/1响应的概率尺度完全不同，因此会出错。
• 修正方法
  只需要统一两边的预测输出尺度即可，推荐调整f1函数的predict语句，使其输出概率尺度的结果，和后续绘图逻辑匹配：

  f1 = function(data1){                        
      res =  glm(formula = Y~ Z, data = data1, family =binomial)
      # 这里增加type = 'response'参数，输出概率尺度的预测值
      YP = predict(res, newdata=data2, type = 'response')
      return(YP)
  }
  

  如果你需要绘制对数几率尺度的结果，则反过来修改绘图时的YP计算语句：

  # 对数几率尺度的拟合值，和自助法输出匹配
  YP = predict.glm(fit, type='link')
  

• 额外注意事项
  从你给出的样本数据来看，当前展示的样本Y取值全部为0，如果全数据集存在完全分离/近似分离的情况，逻辑回归的参数估计本身会不稳定，也会导致自助法的置信带出现异常，建议先检查原始数据的Y分布和逻辑回归拟合的合理性。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Hoda Fakharzadeh