如何使用ggtree根据物种性状为系统发育树的物种标签着色

你可以通过ggtree内置的%<+%运算符关联性状数据表，再在物种标签图层中映射颜色属性即可实现需求，修改后的完整绘图代码如下：

# 系统发育树构建部分代码与你提供的一致，以下为修改后的绘图部分
library("ape")
library("ggplot2")
library("ggtree")

ggtree(tree.a$scenario.1, layout = "fan", open.angle = 0) %<+% data + 
  # 将包含traits的data数据框关联到树对象，要求数据框第一列为与树tip.label完全匹配的物种名
  geom_tiplab(aes(color = traits), offset = 0.2) + 
  # offset参数调整标签与树梢间距，避免文字截断
  scale_color_manual(
    values = c("Forest" = "#2E8B57", "Wetland" = "#4682B4", "Lake" = "#87CEEB"),
    # 可自行替换三类性状对应的十六进制颜色值
    name = "生境类型"
  ) +
  xlim(0, 12)
  # 调整x轴范围适配标签长度，数值可根据你的树实际大小调整

补充说明：

• 代码中%<+%要求传入的数据框第一列必须是物种名，且取值和树的tip.label完全一致，你的示例数据已经符合该要求
• 如果不需要显示图例，可以在代码末尾加上+ theme(legend.position = "none")
• 如果需要同时给树梢的点上色，可以额外加一层geom_tippoint(aes(color = traits), size = 2)

内容的提问来源于stack exchange，提问作者marie