使用plt.imshow展示SimpleITK切片图像时报Invalid shape错误如何解决

你通过切片获取的im仍然是SimpleITK.SimpleITK.Image类型，matplotlib的imshow方法无法直接解析该类型的内部结构，读取数据时会错误将二维图像拉平为长度为14400的一维数组，因此触发形状不匹配的报错。

• 方法1：先将提取的切片转为numpy数组再传入imshow

import SimpleITK as sitk
import matplotlib.pyplot as plt

# 将SimpleITK图像对象转为numpy数组
im_arr = sitk.GetArrayFromImage(im)
# 医学图像推荐指定灰度色图展示，也可根据需求调整cmap参数
plt.imshow(im_arr, cmap="gray")
plt.show()

• 方法2：提前将3D图像整体转为numpy数组，再按层提取

注意：SimpleITK的GetSize()返回维度顺序为(x, y, z)，转为numpy数组后维度顺序会自动调整为(z, y, x)，取层索引时需要对应调整

import SimpleITK as sitk
import matplotlib.pyplot as plt

# 整幅3D图像转numpy数组
fused_arr = sitk.GetArrayFromImage(fusedImage)
# 提取第76层切片
im_arr = fused_arr[76, :, :]
plt.imshow(im_arr, cmap="gray")
plt.show()

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Dushi Fdz