Snakemake能否设置可空wildcard？运行通配符报错问题求助

问题原因 #

你的配置有三个核心错误：

• 你最开始使用的{.*}、{freq,.*}是Snakemake 4.x及更早版本的可选通配符语法，该写法在5.x版本后就已完全废弃，所以第一个版本直接报错识别到了无名称的通配符。
• 第二个版本中你虽然正确定义了freq通配符的约束为可匹配空值的.*，但你的freq_list中没有显式包含空字符串""作为可选取值，调用expand函数时遍历不到对应值，自然会报No values given for wildcard 'freq'的错误。
• 你create_html规则的输出通配符是freq，但输入路径里的对应通配符命名为cohort_freq，二者名称不统一会导致通配符匹配失败，也可能引发连锁报错。

修复方案 #

1. 定义freq_list时显式加入空字符串作为可选值，示例如下：

# 根据你的实际需求调整非空取值，必须显式加入空字符串""
freq_list = ["", ".0.01", ".0.001", ".0.0001"]

2. 保持freq的通配符约束为".*"，同时统一输入输出的通配符命名，调整后的核心代码片段如下：

wildcard_constraints:
    udn_id="ID.+",
    compound="(no_)*compound(_genome|_exome)*",
    freq=".*"

rule all:
    input: expand("file/path/{id}/{compound}{freq}.html",
            id=[config["id"]], compound=compound_list, freq=freq_list)

rule create_html:
    output: "file/path/{id}/{compound}{freq}.html"
    # 将输入路径原cohort_freq改为freq，和输出通配符保持一致
    input: "/oak/stanford/groups/euan/UDN/output/AnnotSV/AnnotSV_3.0.5/{udn_id}/WGS_blood_"+hg+"/gateway_hpo/{udn_id}.{comp_het}{freq}.annotated.tsv"
    shell: "# 这里写你的shell命令"

3. 如果你确实需要保留cohort_freq作为输入通配符名称，可以在规则内添加局部通配符约束，或者通过params做名称映射，不建议跨规则使用不同名称的对应通配符，会大幅提高匹配出错概率。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者amm