ggplot2使用stat=summary绘制柱状图设置ylim丢失数据如何解决

问题原因 #

ylim() 本质是 scale_y_continuous(limits = ...) 的简写，它的执行时机在统计汇总计算之前：会先把原始数据中y值超出你设置范围的观测直接删除，再执行后续的stat_summary计算。你的原始value取值是1~10000，远大于你设置的ylim上限10，所以绝大多数原始数据被提前过滤，才会触发警告。

解决方法 #

方法1（最简单，无需修改原有统计逻辑）

用coord_cartesian()设置坐标轴可视范围，它的执行时机在所有统计计算、图形元素渲染完成之后，仅裁切视图范围，不会删除任何原始数据：

ggplot(test,aes(x=group,y=value))+
  geom_bar(stat = "summary",fun=function(x){log(mean(x))})+
  coord_cartesian(ylim = c(0,10))

方法2（提前手动计算汇总值再绘图）

你也可以先把需要的统计值算好，再映射到y轴，这时候用ylim()也不会出现数据丢失问题，因为此时y轴对应的就是已经计算完成的对数均值：

library(dplyr)
# 先按分组计算对数均值
test_sum <- test %>% 
  group_by(group) %>% 
  summarise(log_mean = log(mean(value)))

# 绘图时直接映射计算好的值
ggplot(test_sum,aes(x=group,y=log_mean))+
  geom_col()+
  ylim(0,10)

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Lennon Lee