从RMarkdown编译至HTML时如何添加自定义LaTeX命令定义

你遇到的问题本质是PDF和HTML输出的公式渲染逻辑差异导致的：

• 输出PDF时，所有头部的TeX命令会直接交给LaTeX编译器处理，所以两种尝试都能生效
• 输出HTML时，公式由MathJax在浏览器端渲染，MathJax只会处理被包裹在数学环境（$$/\(等）中的内容，直接插入HTML头部的裸TeX命令既不会被MathJax识别，还会被浏览器当成普通文本显示

以下两种可行方案均支持多Rmd文件复用自定义命令，无需修改原有Rmd的正文内容：

方案1：MathJax宏配置（推荐） #

这种方法性能最优，不会产生多余的隐藏元素：

1. 新建公共配置文件mathjax-common.html，内容如下：

<script>
MathJax = {
  tex: {
    macros: {
      // 所有自定义命令按「命令名: 对应展开内容」格式填写，注意反斜杠要转义为两个反斜杠
      bmat: '\\begin{bmatrix}',
      emat: '\\end{bmatrix}'
    }
  }
}
</script>

2. 编译时直接引用该配置文件即可，命令如下：

Rscript -e "rmarkdown::render('test.rmd',quiet=TRUE,output_format=rmarkdown::html_document(pandoc_args=c('--include-in-header=/full/path/to/mathjax-common.html')))"

方案2：隐藏数学环境包裹 #

如果你不想修改原有LaTeX命令的写法，可以直接用隐藏的行内公式环境包裹所有命令：

1. 新建公共配置文件latex-preamble.html，内容如下：

<span style="display:none;">
\(
\newcommand{\bmat}{\begin{bmatrix}}
\newcommand{\emat}{\end{bmatrix}}
\)
</span>

2. 编译时同样用--include-in-header参数引用该文件即可生效。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者CloudIcarus