编译R包是否必须在~/.R目录下存放Makevars文件？

首先明确：编译R包不是必须在~/.R目录下存放Makevars文件。该文件属于用户自定义的编译配置覆盖文件，R本身自带系统级默认编译配置，无自定义Makevars时会默认调用内置配置完成编译。

你出现devtools::has_devel()校验正常但自定义包编译报错的情况，原因是devtools::has_devel()仅做最基础的简单编译能力校验，仅测试最简C/C++代码的编译流程，不会覆盖你自有R包可能用到的特殊编译场景，常见报错原因和对应的解决方法如下：

• 若你报错提示找不到编译器、编译器版本不匹配：可以新建一个适配当前clang12的Makevars文件写入以下配置即可，不需要找回旧文件：

CC=/usr/bin/clang
CXX=/usr/bin/clang++
CXX11=/usr/bin/clang++
CXX14=/usr/bin/clang++
CXX17=/usr/bin/clang++
CXX20=/usr/bin/clang++
LDFLAGS=-L/usr/local/lib
CPPFLAGS=-I/usr/local/include

• 若你报错提示找不到特定依赖库、头文件：说明旧Makevars中写入了对应依赖的路径配置，你可以找回原文件，将其中所有涉及clang4的路径替换为当前clang12的路径，其余配置保留即可。
• 若你的R包无任何需要编译的原生代码（全为R脚本）：编译报错和Makevars无关，需要排查自有代码逻辑、DESCRIPTION文件配置、依赖包版本匹配问题。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者compbiostats