如何编辑ggVennDiagram交集填充区域 自定义颜色交集显示灰色如何解决

问题原因 #

1. venn_region(d)返回的区域数据中，仅单集合区域的name字段为A/B/C/D，交集区域的name为多集合组合值（如A&B、A&B&C等），你定义的颜色向量仅包含4个单集合的映射规则，交集区域无法匹配到对应颜色，就会显示默认灰色。
2. 你当前是将所有韦恩图区域作为独立几何对象统一填充，alpha仅调整单区域透明度，不会自动实现多集合颜色的叠加混合效果。

解决方案 #

改为逐个绘制每个集合的半透明填充层，利用ggplot2图层叠加特性自动生成交集的混合色，修改后的可运行代码如下：

library(ggVennDiagram)
library(ggplot2)
library(sf)

genes <- paste0("gene",1:40)

gene_list <- list(
  A = genes[1:10],
  B = genes[1:20],
  C = genes[5:15],
  D = genes[30:40]
)

venn <- Venn(gene_list)
d <- process_data(venn)

col <- c(A = 'blue', B = 'red', C = 'green', D = 'orange')

ggplot() +
  # 逐个添加集合填充层，实现颜色自动叠加
  lapply(seq_along(gene_list), function(i) {
    geom_sf(data = venn_setedge(d)[i, ], 
            fill = alpha(col[i], 0.2),
            color = NA)
  }) +
  # 绘制集合边界
  geom_sf(aes(color = name), data = venn_setedge(d), linewidth = 1) +
  # 绘制集合名称标签
  geom_sf_text(aes(label = name), data = venn_setlabel(d), size = 5) +
  # 绘制区域计数标签
  geom_sf_text(aes(label = count), data = venn_region(d), size = 3.5) +
  # 自定义边界颜色
  scale_color_manual(values = col) +
  theme_void() +
  # 隐藏冗余图例
  guides(fill = "none")

运行上述代码即可得到交集为自定义颜色叠加效果的韦恩图，不会再出现灰色交集。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Archymedes