WSL环境下Singularity拉取ChIP-seq镜像出现chmod权限报错问题

你将NXF_SINGULARITY_CACHEDIR指定到了Windows外置硬盘，WSL挂载Windows磁盘默认使用DrvFS文件系统，该文件系统默认不支持Linux原生的chmod权限修改操作。Singularity拉取镜像过程中需要调整临时文件的权限属性，该操作在DrvFS上会被直接拒绝，即使你手动将目录权限设置为777也无法生效。

• 方案1：更换缓存目录到WSL原生文件系统（最推荐）
  将Singularity缓存目录调整为WSL内部的Ext4格式路径，不需要修改任何额外配置即可解决问题，操作命令如下：

  # 新建本地缓存目录
  mkdir -p ~/singularity_cache
  # 配置环境变量，可写入~/.bashrc永久生效
  export NXF_SINGULARITY_CACHEDIR=~/singularity_cache
  

  配置完成后重新执行ChIP-seq流程即可。
• 方案2：修改WSL挂载配置支持Linux权限
  若必须使用外置硬盘存储缓存，可修改WSL挂载参数，为DrvFS增加Linux权限支持：
  1. 编辑WSL配置文件/etc/wsl.conf：

  sudo nano /etc/wsl.conf
  

  2. 写入以下配置内容：

  [automount]
  options = "metadata,umask=22,fmask=11"
  mountFsTab = false
  

  3. 保存退出后，在Windows端cmd执行命令关闭WSL：

  wsl --shutdown
  

  重启WSL后重新执行拉取操作即可。
• 方案3：临时禁用Singularity缓存
  执行拉取命令时添加--disable-cache参数跳过缓存读写步骤，直接拉取镜像到目标路径：

  singularity pull --disable-cache --name nfcore-chipseq-1.2.2.img docker://nfcore/chipseq:1.2.2
  

  若使用Nextflow运行流程，可在流程配置文件中添加如下配置：

  singularity {
    pullOptions = '--disable-cache'
  }
  

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Anna