R绘图color属性中alpha函数作用及细胞类型绘图颜色重复解决方法

你看到的第一个alpha是scales包提供的alpha()函数的函数名，该函数的核心作用是接收一组颜色输入，为其添加指定透明度后返回标准十六进制颜色编码，供R基础绘图的col参数使用。
函数的参数结构为alpha(颜色向量, alpha = 透明度数值)：

• 第一个位置传入的是待添加透明度的颜色值，你代码中传入的c(1,2,...12)[因子索引][shuffle]就是这个参数的取值，R会自动将数字匹配为默认调色板对应的颜色
• 第二个alpha = .5是函数的显式参数，用来设置透明度，这部分你理解是正确的

你扩充到12个数字后仍然出现颜色重复，根本原因是R基础绘图的默认调色板palette()默认只有8种颜色，超过8的数字会循环复用前面的颜色，比如数字9对应默认调色板第1位的黑色，自然会出现重复。
你可以用以下方案解决：

• 方案1：使用支持足够颜色数量的专业调色板
  比如用RColorBrewer包的Paired调色板（刚好有12种区分度高的颜色），修改代码如下：

  # 提前加载依赖包
  library(RColorBrewer)
  # 生成12种不重复颜色，再添加透明度
  cell_cols <- brewer.pal(12, "Paired")[factor(colData(seLX_MET)$cell_type)][shuffle]
  plot(reducedDims(seLX_MET)$UMAP[shuffle, ], asp = 1, pch = 16, xlab = "UMAP-1", ylab = "UMAP-2", 
       col = alpha(cell_cols, alpha = .5))
  

• 方案2：手动指定12种不重复的十六进制颜色
  如果你对颜色有自定义需求，可以直接替换为你选定的12个十六进制颜色值，示例：

  # 自定义12种颜色，可自行替换为需要的色值
  custom_cols <- c("#E41A1C", "#377EB8", "#4DAF4A", "#984EA3", "#FF7F00", "#FFFF33",
                   "#A65628", "#F781BF", "#999999", "#1B9E77", "#D95F02", "#7570B3")
  cell_cols <- custom_cols[factor(colData(seLX_MET)$cell_type)][shuffle]
  plot(reducedDims(seLX_MET)$UMAP[shuffle, ], asp = 1, pch = 16, xlab = "UMAP-1", ylab = "UMAP-2", 
       col = alpha(cell_cols, alpha = .5))
  

• 方案3：使用viridis包的调色板
  如果需要对色弱友好的颜色，可使用viridis包的调色板取12个离散色，区分度更高。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Yulia Kentieva