使用sed为FASTA头行首尾加词时出现换行与尾M字符问题如何解决

• 行尾多余的M字符是Windows/DOS格式换行符导致的：你的原始FASTA文件是Windows环境生成/编辑过的，换行符为\r\n（回车+换行），而Linux/macOS下的sed默认以\n作为行分隔符，会将行尾的\r识别为普通文本保留，显示出来就是^M（即你观察到的M字符）。
• Finalword换行是\r被捕获进正则分组导致的：头行末尾的\r被你的正则^>(.*)捕获到分组\1中，替换后的内容变为>Initialword/A_1000\r/Finalword，\r会让光标复位到当前行首，后续的/Finalword就会被渲染到下一行，产生换行的假象。
• 额外的正则写法问题：默认sed使用基础正则表达式（BRE），(和)是普通匹配字符，需要加反斜杠转义才能作为捕获组使用，你原命令中的括号没有转义，匹配逻辑本身也存在错误。

不需要额外转换工具，单条sed命令即可完成需求，生成目标output.fasta：

sed 's/\r$//; s%^>\(.*\)%>Initialword/\1/Finalword%' input.fasta > output.fasta

如果习惯使用扩展正则写法，可以加-E参数省略括号的转义：

sed -E 's/\r$//; s%^>(.*)%>Initialword/\1/Finalword%' input.fasta > output.fasta

如果要直接修改原文件，可以加-i参数（GNU sed适用），同时会自动生成原文件备份input.fasta.bak避免误操作：

sed -i.bak 's/\r$//; s%^>\(.*\)%>Initialword/\1/Finalword%' input.fasta

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Keah Chambers