macOS Big Sur下R安装Cairo包提示找不到cairo.h该如何解决

问题原因 #

安装失败的核心是R的编译环境无法识别你通过brew/macport安装的cairo库路径，且macOS自Catalina版本起默认shell改为zsh，因此你找不到旧教程里提到的.bashrc配置文件。

解决方案 #

方案1：conda环境直接安装（推荐，适合conda管理R环境的用户） #

你当前使用的是conda的seurat4环境，直接通过conda安装预编译的Cairo包即可，无需手动处理编译依赖：

# 先激活你的seurat4环境
conda activate seurat4
# 安装r-cairo
conda install -c conda-forge r-cairo

方案2：临时指定编译参数安装（无需修改配置文件） #

如果要直接在R中编译安装，执行安装命令时直接传入cairo的路径参数即可：

• 若你是用brew安装的cairo，在R控制台执行：

install.packages("Cairo", configure.args = c(
  CAIRO_CFLAGS = paste0("-I", system("brew --prefix cairo", intern = TRUE), "/include/cairo"),
  CAIRO_LIBS = paste0("-L", system("brew --prefix cairo", intern = TRUE), "/lib -lcairo")
))

• 若你是用macport安装的cairo，在R控制台执行：

install.packages("Cairo", configure.args = c(
  CAIRO_CFLAGS = "-I/opt/local/include/cairo",
  CAIRO_LIBS = "-L/opt/local/lib -lcairo"
))

方案3：永久配置环境变量 #

如果需要长期生效，可将路径写入你当前shell的配置文件：

1. 确认你当前使用的shell，在终端执行echo $SHELL，如果输出为/bin/zsh，则配置文件为~/.zshrc，如果为/bin/bash则是~/.bash_profile
2. 编辑对应配置文件，添加两行内容（以brew安装的cairo为例）：

export CAIRO_CFLAGS="-I$(brew --prefix cairo)/include/cairo"
export CAIRO_LIBS="-L$(brew --prefix cairo)/lib -lcairo"

3. 在终端执行source ~/.zshrc（或对应配置文件）使配置生效，重新打开R即可正常安装Cairo包。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Thomas Lordick