唾液与血液来源DNA联合用于GWAS/WES/WGS分析的可行性及偏倚问题咨询

联合使用可行性 #

两种来源的DNA核心编码序列一致性可达99.8%以上，目前全球范围内已有大量队列研究公开采用混合采样来源的样本完成组学分析，技术层面不存在本质障碍，完全可以联合使用。

潜在偏倚风险 #

你提到的未知干扰确实存在，主要风险集中在三个维度：

• 技术噪声差异：唾液样本通常混有口腔微生物DNA、凋亡降解的人源DNA片段，相同测序深度下，唾液样本的基因型判读错误率、杂合子丢失率会略高于血液样本，低深度WGS、低质量唾液样本的差异会更明显
• 混杂效应重叠：多数研究中唾液和血液样本不属于同一测序批次、建库批次，很容易将批次效应误判为采样来源的差异，或者反之
• 入组偏倚：如果研究设计时病例组和对照组的采样方式不随机，比如病例统一用唾液、对照统一用血液，会直接引入严重的混杂，远大于技术本身的影响

type-dna协变量方案优化建议 #

加入采样类型作为协变量的思路是合理的，补充几个可落地的实操建议：

• 前置质量控制：正式分析前先统计两类样本的call率、缺失率、杂合率分布，剔除质量不达标的样本，确保两类样本的整体质控指标差异小于5%
• 多协变量联合调整：不要只单独加入type-dna变量，建议同时纳入测序批次、建库批次、性别、年龄、前10个主成分作为协变量，避免批次效应和采样类型效应混淆
• 假阳性校验：如果最终得到的显著关联位点同时和type-dna变量显著相关，需要单独对该位点做高深度重测序验证，排除是采样类型带来的技术假阳性
• 敏感性分析验证：完成全队列关联分析后，可以分别对唾液子集、血液子集做关联分析，比较两类子集的效应值相关性，如果相关性高于0.9，可证明采样类型对整体结果无显著影响，联合分析结论可靠

内容的提问来源于stack exchange，提问作者P.Roberto Bakker ev Doornebal