ggplot2设置条形透明度后knitr导出PDF时插入PNG意外变透明如何解决

问题原因 #

你遇到的导出PDF时插入图片褪色的问题，是ggplot图层参数继承和PDF渲染设备的共同作用导致的：你在geom_bar中设置了alpha映射，PDF导出设备渲染时会将该透明度参数误应用到后续的annotation_custom图片图层上，而RStudio内置预览的渲染逻辑对参数继承的处理更宽松，因此不会出现异常。

解决方法 #

以下两种方案都可以保留指定条形的半透明效果，同时保证插入的图片完全不透明：

方案1：显式指定图片图层的透明度 #

直接在annotation_custom中添加alpha=1参数，强制覆盖继承的透明度设置，修改后的绘图代码如下：

ggplot(df2, aes(x=day, y=value)) + 
    geom_bar(aes(fill=day, alpha=variable), stat="identity", width = .75, position = position_dodge(width=.8)) +
    scale_alpha_manual(values=c(1, .45)) +
    scale_fill_manual(values= barcolors) +
    theme_bw() + 
    theme( panel.grid.major.x = element_blank(),
       legend.position="none",
       legend.text=element_text(size=14),
       legend.title = element_blank(),
       axis.title.x = element_blank()) +
    # 新增alpha=1参数
    annotation_custom(g, xmin=.7, xmax=1.3, ymin=35, ymax=40, alpha = 1) + 
    ylim(0,40)

方案2：避免alpha作为映射变量 #

不将alpha放入aes映射中，直接给条形传入对应透明度的向量，从根源上避免参数继承问题，兼容性更强，修改后的绘图代码如下：

# 构造对应透明度的向量，variable为x的条形alpha=1，y的为0.45
bar_alpha <- ifelse(df2$variable == "x", 1, 0.45)

ggplot(df2, aes(x=day, y=value)) + 
    # 把alpha从aes中移除，直接传入构造好的透明度向量
    geom_bar(aes(fill=day), stat="identity", width = .75, position = position_dodge(width=.8), alpha = bar_alpha) +
    scale_fill_manual(values= barcolors) +
    theme_bw() + 
    theme( panel.grid.major.x = element_blank(),
       legend.position="none",
       legend.text=element_text(size=14),
       legend.title = element_blank(),
       axis.title.x = element_blank()) +
    annotation_custom(g, xmin=.7, xmax=1.3, ymin=35, ymax=40) + 
    ylim(0,40)

两种方案导出PDF时都不会出现图片褪色的问题，可根据使用习惯选择。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者JK Lambert