Python3.7下HDBSCAN报错numpy.ndarray size changed问题求助

这个报错的核心是hdbscan预编译的二进制包依赖的numpy版本，和你当前运行环境中安装的numpy版本不匹配：hdbscan包含C扩展模块，编译时会绑定对应版本numpy的C头文件结构，若编译和运行时的numpy版本差异过大，就会出现ndarray内存大小不匹配的错误。

首先完全卸载当前环境中的numpy和hdbscan，清除pip缓存避免复用旧的编译文件：

pip uninstall -y numpy hdbscan
pip cache purge

Python3.7最高支持numpy 1.21.x版本，先安装固定版本的numpy，避免版本过高不兼容Python3.7：

pip install numpy==1.21.6

必须在numpy安装完成后，再从源码编译安装hdbscan，让编译过程直接调用当前环境numpy的头文件，彻底解决二进制兼容问题：

pip install hdbscan==0.8.19 --no-binary hdbscan

大部分场景下的安装无效问题，都是因为JupyterLab内核和终端pip对应的环境不一致，需要在你运行代码的Jupyter notebook中执行以下代码，确认版本匹配：

import numpy
import hdbscan
print(numpy.__version__) # 输出应为1.21.6
print(hdbscan.__version__) # 输出应为0.8.19

如果版本输出和安装的不一致，核对Jupyter内核对应的Python解释器路径，将包安装到对应环境中即可。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Philipp