R语言回归/ANOVA分析中自定义contrast编码未全部出现在输出的问题

• 你使用的是3水平的分类因子，组间自由度固定为 k-1=2（k为因子水平总数），最多只能设置2个互不线性相关的自定义对比编码。你设置的3个编码都满足对比编码“数值和为0”的规则，必然线性相关，R会自动舍弃冗余的第3个编码，所以回归输出里不会出现c3的结果。
• 从你提供的数据集结构也能验证这一点：condition因子实际存储的对比矩阵只有2列，你赋值的3列矩阵里第3列已经被自动丢弃了。

如果你确实需要检验第三个对比的效应，有两种可行方案：

1. 按需切换对比矩阵：每次从3个编码里选2个互不相关的编码构建对比矩阵，运行回归即可得到对应两个编码的检验结果，要检验c3的时候替换掉不需要的编码即可，示例代码如下：

# 要检验c1和c3就按如下设置
mat <- cbind(c1,c3)
contrasts(df$condition) <- mat
summary(lm(Diff ~ condition, df))

2. 用事后检验工具一次性检验所有自定义对比：不需要修改因子的默认对比，直接用emmeans包指定所有你要检验的对比，一次性输出所有结果，还可以自定义多重检验校正规则：

# 安装加载包（首次使用需要先安装）
# install.packages("emmeans")
library(emmeans)
# 拟合基础模型
fit <- lm(Diff ~ condition, df)
# 计算各组边际均值
em <- emmeans(fit, ~ condition)
# 定义所有需要检验的自定义对比
contrast_list <- list(
  c1 = c(1, 0, -1),
  c2 = c(1, -2, 1),
  c3 = c(2, -1, -1)
)
# 输出所有对比的检验结果
contrast(em, contrast_list, adjust = "none")

• 如果你选的多个对比存在线性相关，检验结果会存在重叠，建议优先选择互相正交的对比组合，结果解释性更强。
• 不要设置超过k-1个对比到因子的对比矩阵中，超出的部分都会被R自动舍弃，不会进入模型计算。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Con Des