如何在Snakemake中实现文件变更时自动执行对应规则？

Snakemake原生提供了--watch（可简写为-w）参数，开启后会自动监听工作流所有输入文件的变更，一旦检测到修改就自动重新执行需要更新的任务，可直接替代你原来Makefile中的watch规则。

你只需要先编写正常的Snakemake工作流规则，以编译LaTeX为例：

# Snakefile内容
rule all:
    input: "main.pdf"

rule compile_latex:
    input: "main.tex"
    output: "main.pdf"
    shell: "latexmk -lualatex --shell-escape {input}"

编写完成后运行以下命令即可开启自动监听构建：

snakemake --watch --cores 1

如果需要指定监听特定路径而非所有工作流输入，可在参数后追加路径：

snakemake --watch ./src --cores 1

如果你使用的是7.0以下版本的Snakemake，没有内置watch功能，可以直接复用你之前Makefile的逻辑，手动写监听脚本：
首先编写好正常的Snakemake工作流规则，然后执行以下bash命令即可：

# 单个依赖文件场景
while true; do inotifywait --event modify main.tex; snakemake --cores 1; done

如果有多个依赖文件，可统一声明后使用：

DEPENDENCIES="main.tex refs.bib figures/*"
while true; do inotifywait --event modify $DEPENDENCIES; snakemake --cores 1; done

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Nick Ulle