Cytoscape导入GEM文件生成无标签方形节点而非带标签圆形节点问题

红色无标签矩形节点是EnrichmentMap未成功识别GEM文件通路元数据的典型表现，可按以下步骤逐一排查：

• 校验通路ID格式匹配性
  异常文件的通路ID前缀大概率和EnrichmentMap加载的物种注释库不匹配，比如你预设人类注释库但GEM内是小鼠通路ID，或导出时误选了非标准ID作为通路标识。打开GEM文件对比正常/异常文件的通路ID列前缀，确保g:Profiler导出时选择的通路ID来源和EnrichmentMap构建时选择的注释源完全一致。
• 调整富集结果过滤阈值
  EnrichmentMap默认会过滤p值>0.05、FDR>0.1的通路，若异常GEM内符合阈值的通路数量极少、且通路间无重叠基因，就会触发异常节点样式。你可以临时将构建时的P值阈值调至0.2、基因重叠系数调至0.1，重新构建验证。
• 核对GEM文件表头规范
  EnrichmentMap对GEM表头有严格要求，必须包含name、pvalue、fdr、genes核心字段，异常文件可能存在表头多空格、被翻译为其他语言的问题，将异常文件表头修改为和正常文件完全一致的英文字段名后重新导入即可。
• 重置视觉映射配置
  若为样式误触发问题，可在构建前点击顶部菜单「Style」→「Clear All Style Settings」，加载EnrichmentMap默认样式模板后重新构建。
• 升级Cytoscape版本
  你当前使用的3.8.2版本存在已知的g:Profiler GEM格式兼容bug，升级到3.9.1及以上版本可解决绝大多数无提示解析异常问题。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Nick_B