lifelines包加载失败：scipy.misc无logsumexp属性的解决咨询

问题重现 #

你运行的导入代码：

import numpy as np
from scipy import stats
import pandas as pd
from scipy.special import logsumexp
from lifelines import KaplanMeierFitter, CoxPHFitter
from lifelines.statistics import logrank_test

出现的报错信息：

---------------------------------------------------------------------------
AttributeError                            Traceback (most recent call last)
<ipython-input-1-2f2a9dd88e46> in <module>
      4 from scipy.special import logsumexp
----> 5 from lifelines import KaplanMeierFitter, CoxPHFitter
      6 from lifelines.statistics import logrank_test

~/.virtualenvs/stats/lib/python3.7/site-packages/lifelines/__init__.py in <module>
     12 from lifelines.fitters.aalen_johansen_fitter import AalenJohansenFitter
---> 13 from lifelines.fitters.log_normal_fitter import LogNormalFitter
     14 from lifelines.fitters.log_logistic_fitter import LogLogisticFitter

~/.virtualenvs/stats/lib/python3.7/site-packages/lifelines/fitters/log_normal_fitter.py in <module>
      4 import autograd.numpy as np
----> 5 from autograd.scipy.stats import norm
      6 from lifelines.fitters import KnownModelParametericUnivariateFitter

~/.virtualenvs/stats/lib/python3.7/site-packages/autograd/scipy/__init__.py in <module>
      6 try:
----> 7     from . import misc
      8 except ImportError:
      9     pass

~/.virtualenvs/stats/lib/python3.7/site-packages/autograd/scipy/misc.py in <module>
      5 from autograd.numpy.numpy_vjps import repeat_to_match_shape
      6 
----> 7 logsumexp = primitive(scipy.misc.logsumexp)
      8 
      9 def make_grad_logsumexp(ans, x, axis=None, b=1.0, keepdims=False):

AttributeError: module 'scipy.misc' has no attribute 'logsumexp'

疑问解答 #

首先明确：那段出问题的代码不属于SciPy也不属于lifelines，而是来自autograd这个依赖包——它是lifelines依赖的自动微分库，代码在autograd/scipy/misc.py文件里。

你提出的修改方案完全可行，因为SciPy确实在较新版本中将logsumexp从scipy.misc迁移到了scipy.special，修改这一行就能解决版本不兼容的问题，比降级SciPy更简便。

具体修改步骤 #

1. 找到报错中指向的文件路径：

   ~/.virtualenvs/stats/lib/python3.7/site-packages/autograd/scipy/misc.py
   

   你可以用文本编辑器直接打开这个文件，或者在终端用vim/nano等工具编辑。

2. 定位到第7行左右的代码：

   logsumexp = primitive(scipy.misc.logsumexp)
   

3. 将其修改为：

   logsumexp = primitive(scipy.special.logsumexp)
   

4. （可选）如果文件顶部没有导入scipy.special，需要在文件开头添加一行导入语句：

   import scipy.special
   

   不过通常autograd的这个文件已经会导入相关模块，大概率不需要这一步。

注意事项 #

这种修改第三方包文件的方式是临时解决方案——如果你后续更新autograd包，修改的内容会被覆盖。更稳妥的做法是：

• 检查并更新autograd到兼容当前SciPy版本的最新版本（新版本的autograd已经修复了这个路径问题）
• 确认lifelines的版本是否与你的SciPy版本匹配，升级lifelines到最新稳定版也可能自动解决依赖兼容问题

内容的提问来源于stack exchange，提问作者pill45