如何在R中使用vegan包为CCA绘图设置row.names作为站点标签

问题原因 #

• 数据类型问题：如果cast()返回的是tibble类型（加载tidyverse系列包时会出现），tibble默认不支持自定义行名，会静默忽略行名赋值操作
• 行名继承失败：部分版本vegan的cca()函数未正确继承输入数据框的行名，导致站点坐标的行名仍为默认索引
• 绘图参数默认规则：旧版vegan的plot.cca()方法会优先使用序列索引作为站点标签，忽略结果对象中存储的行名

修复方案 #

先执行以下代码验证当前行名状态，定位问题：

# 查看输入数据的行名是否正确
print(rownames(ls_Treat1))
# 查看CCA结果中存储的站点默认标签
print(rownames(ca$CA$u))

方案1：修正数据类型后重新运行分析 #

针对tibble不支持行名的问题，先把数据转为普通data.frame再设置行名：

# cast输出后先转普通数据框
ls_Treat1 <- as.data.frame(cast(fungi_ls, Treatment ~ species))
row.names(ls_Treat1) <- ls_Treat1$Treatment
ls_Treat1 <- ls_Treat1[,-1]

# 重新运行CCA后绘图
ca <- cca(ls_Treat1)
plot(ca, display = "sites")

方案2：绘图时手动指定标签 #

无需重新运行分析，直接在绘图时传入自定义标签：

# 直接传入处理名作为标签
plot(ca, display = "sites", labels = c("AB", "DB", "DL"))

# 也可以直接从原始数据提取，避免手动输入错误
plot(ca, display = "sites", labels = unique(fungi_ls$Treatment))

方案3：手动修改CCA结果对象的行名 #

直接修改CCA结果中站点坐标的行名，从根源解决继承问题：

# 给CCA结果的站点坐标赋值自定义行名
rownames(ca$CA$u) <- rownames(ls_Treat1)
# 绘图即可正常显示自定义标签
plot(ca, display = "sites")

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Lu Moe