ggplot图例颜色正常但geom_line曲线显示为灰色该如何修复？

• 核心错误是scale_color_manual()中设置的分类名称和数据中transformation列的实际取值不匹配，少了末尾的点号：
  数据里的真实分类取值为log.x.、log10.x.，你在配置颜色时写的是log.x、log10.x，名称不匹配导致ggplot无法给对应分类赋值自定义颜色。
• 名称匹配失败时，ggplot会将未匹配到的分类默认渲染为灰色，你代码里因为填了两个不存在的分类名，挤占了有效配置位，导致e.x、ten.x最终未被正确分配到设置的颜色。
• 额外冗余问题：你提前生成了因子类型的name列，但绘图时没有用到，实际映射颜色用的还是原始字符型的transformation列。

直接修正scale_color_manual里的键名即可，修正后完整代码如下：

Xp <- 1:20/5
X <- -10:10/5
X10 <- -10:5/5

df <- data.frame(
    x = Xp, 
    log2.x. = log2(Xp),
    log.x. = log(Xp),
    log10.x. = log10(Xp)) %>%
  full_join(data.frame(
    x = X,
    two.x = 2 ** X,
    e.x = exp(X))) %>%
  full_join(data.frame(
    x = X10,
    ten.x = 10 ** X10)) %>%
  pivot_longer(cols = -c(x), names_to = "transformation") %>%
  mutate(name = factor(transformation, levels = unique(transformation)))

df %>% ggplot(aes(x=x, y=value, color=transformation)) + 
  geom_line() +
  scale_color_manual(values = c(
    "log2.x." = "red",
    "log.x." = "green", # 补上末尾的点，和实际分类名一致
    "log10.x." = "blue", # 补上末尾的点，和实际分类名一致
    "two.x" = "red",
    "e.x" = "green",
    "ten.x" = "blue"))

如果要避免后续匹配错误，也可以把颜色映射改为color=name，直接使用提前生成的因子列即可。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Steven Bhardwaj