R使用write.table将dataframe存为txt时最后三列数据缺失如何解决

• 先检查输出文件名是否正确：你当前代码里的输出文件名为../data/FinalLongFormattxt，缺少后缀分隔符.，修正为../data/FinalLongFormat.txt后，确认你打开的是本次代码新生成的文件，而非之前生成的旧版本文件。
• 先在R环境中验证源数据最后三列的有效性，执行如下代码排查：

# 输出最后三列的前10行数据，确认源数据本身没有缺失
head(FinalLongFormat[, (ncol(FinalLongFormat)-2):ncol(FinalLongFormat)], 10)
# 检查最后三列列名是否包含不可见字符、特殊符号
colnames(FinalLongFormat)[(ncol(FinalLongFormat)-2):ncol(FinalLongFormat)]

• 排查特殊字符导致的分隔错乱：如果最后三列内容包含制表符\t、换行符\n/\r，会破坏txt的制表分隔结构，看起来像后面列缺失，替换特殊字符后重新导出即可：

# 全局替换所有列中的制表符、换行符为空格
FinalLongFormat <- as.data.frame(lapply(FinalLongFormat, function(col) {
  gsub("[\t\n\r]", " ", col)
}))
# 重新导出，显式指定不添加引号、编码为UTF-8
write.table(FinalLongFormat, file = "../data/FinalLongFormat.txt", 
            sep = "\t", dec = ".", row.names = F, col.names = T, 
            quote = F, fileEncoding = "UTF-8")

• 若上述方案无效，可以换用容错率更高的readr包导出：

# 未安装先执行：install.packages("readr")
library(readr)
write_delim(FinalLongFormat, file = "../data/FinalLongFormat.txt", 
            delim = "\t", na = "", col_names = T)

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Sverdo