ggplot2使用fill参数绘制分组柱状图时Control分组不显示问题

问题根因排查与解决 #

最核心原因：ylim(0,15)触发了数据过滤

ggplot的ylim()本质是对y轴数据做截断删除，所有超出0-15范围的观测会被直接从绘图数据集里移除，而非仅隐藏超出坐标轴的部分。从你提供的样例数据可见PrWFr2020列存在34.8的取值，若Control组所有记录的PrWFr2020值（或同一个Id下Control组的求和值）都大于15，就会被整体过滤，导致分组缺失。

解决步骤

1. 验证问题：先注释掉代码中的ylim(0,15)行重新绘图，若Control分组正常显示即可确认是该问题
2. 替换坐标轴限制代码：如果仅需要限制显示范围、不删除超出范围的数据，将ylim(0,15)替换为coord_cartesian(ylim = c(0,15))
3. 数据预校验：可运行以下代码确认Control组的取值范围：

# 查看Control组PrWFr2020的取值范围
range(data2_2020[data2_2020$Type == "Control", "PrWFr2020"], na.rm = TRUE)

# 查看每个Id+Type组合的y值求和结果（geom_col默认对y做求和统计）
aggregate(PrWFr2020 ~ Id + Type, data = data2_2020, FUN = sum)

其他可能排查点

如果修改ylim后仍有问题，可检查是否存在Id与Type的组合为空的情况：部分Id下只有V. berlandieri类型、没有Control类型，使用position = "dodge"时对应位置的Control分组就会空缺。如果需要展示所有组合的占位，可以给geom_col添加参数position = position_dodge(preserve = "single")。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Marine Bergot