如何使用ggplot2绘制三角形热图并仅保留上/下三角部分

你可以通过固定SFE列的因子顺序，再通过位置索引筛选行的方式实现只保留三角热图，具体操作如下：

步骤1：固定轴顺序 #

首先要保证x轴和y轴的SFE项顺序完全一致，我们先提取所有唯一的SFE名称，将两列都转成固定顺序的因子：

# 提取所有唯一的SFE名称
all_sfe <- unique(c(df_triheatmap$SFE_1, df_triheatmap$SFE_2))
# 固定SFE_1和SFE_2的因子顺序，保证x/y轴顺序完全匹配
df_triheatmap$SFE_1 <- factor(df_triheatmap$SFE_1, levels = all_sfe)
df_triheatmap$SFE_2 <- factor(df_triheatmap$SFE_2, levels = all_sfe)

步骤2：按位置筛选数据 #

给每个SFE项分配对应的位置索引，按索引筛选你要保留的三角部分：

# 给两列分别添加位置索引
df_triheatmap$idx1 <- as.numeric(df_triheatmap$SFE_1)
df_triheatmap$idx2 <- as.numeric(df_triheatmap$SFE_2)

# 筛选保留下三角（idx1 > idx2），过滤掉上三角和对角线数据
df_tri_lower <- df_triheatmap[df_triheatmap$idx1 > df_triheatmap$idx2, ]

# 如果你要保留上三角，用这行代码
# df_tri_upper <- df_triheatmap[df_triheatmap$idx1 < df_triheatmap$idx2, ]

# 需要保留对角线的话，把运算符改成 >= 或者 <= 即可

步骤3：画图 #

直接用筛选后的数据集画图即可，你原来的画图代码不需要修改，只要把输入数据换成筛选后的数据集：

ggplot(df_tri_lower, aes(SFE_1, SFE_2, fill = overlap)) +
  geom_raster() +
  scale_fill_distiller(palette = "Spectral") +
  theme_minimal() +
  theme(panel.grid = element_blank())

可选方案：保留原始数据行数，将不需要的部分设为空白 #

如果你不想修改原始数据的行数，也可以把不需要展示的区域的overlap值设为NA，ggplot会自动将这部分渲染为空白：

# 把上三角区域的overlap设为NA，仅展示下三角
df_triheatmap$overlap[df_triheatmap$idx1 <= df_triheatmap$idx2] <- NA

这样直接用原始数据画图就能得到三角热图效果。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Lin Caijin