.rmd与.Rmd格式文件是否存在功能或识别上的差异？

首先可以明确：这两种后缀的R Markdown文件不存在功能上的本质区别，你测试过程中没有发现差异是符合实际运行逻辑的，具体原因如下：

• 后缀大小写的识别逻辑跟随系统默认规则：Windows、macOS系统默认对文件大小写不敏感，两种后缀会被系统和R相关工具识别为同一种文件类型；Linux类系统默认大小写敏感，但rmarkdown、knitr等R Markdown核心处理包已经在底层做了兼容判断，两种后缀都会被判定为合法的R Markdown格式文件，正常执行渲染流程。
• 两种后缀的文件支持完全一致的语法规则、扩展功能、输出格式，编辑、运行、调试的操作逻辑没有任何区别。

唯一的差异属于社区命名习惯层面：很多R开发者倾向于使用大写的.Rmd后缀，对应R语言本身的首字母大写写法，属于约定俗成的偏好，不会对实际使用产生任何影响。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者arnle