如何在ggplot2绘制的分组箱线图中显示各分组的均值？

问题解决方法 #

出现该问题的核心原因是stat_summary默认没有匹配箱线图的分组闪避位置，导致两个分组的均值点都重叠在x轴分类的中心位置，看起来只显示了一个公共均值。

你只需要修改三处代码即可：

• 给stat_summary添加position = position_dodge(width = 0.75)参数，和箱线图默认的闪避宽度对齐，让均值点分别落在对应分组的箱线图中心
• 替换已被新版本ggplot2弃用的fun.y参数为fun
• 修正原代码中coord_cartesian()语句后缺失的+号，避免语法报错

修正后的完整代码如下：

ggplot(data = df.08.long,
      aes(x = TMT_signals, y = as.numeric(TMT_Intensities), fill = `probe.Mod.or.not(Y/N)`)) +
  geom_boxplot() +
  stat_summary(fun = mean, geom = "point", shape = 20, size = 5, 
               color = "red", fill = "red", 
               position = position_dodge(width = 0.75)) +
  coord_cartesian(
    xlim = NULL,
    ylim = c(0, 2e4),
    expand = TRUE,
    default = FALSE,
    clip = "on") +
  theme_classic() +
  theme(axis.title=element_text(size=8),
        axis.text=element_text(size=10),
        axis.text.x = element_text(angle = 90, vjust = 0.5, hjust = 1))

如果需要不同分组的均值点也区分颜色，可以把color参数放到aes()里映射probe.Mod.or.not(Y/N)字段即可。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Chemist learns to code