如何复制单个文件并保留其所属目录名称到其他位置

方案1：Shell 循环 + cp 命令（逻辑最直观） #

进入所有样本目录的上级目录，执行以下命令即可：

# 替换下方路径为你实际的目标存储路径
target_dir="/your/target/directory/path"

for sample_dir in sample_id*/; do
  # 自动在目标路径创建对应样本目录，已存在也不会报错
  mkdir -p "${target_dir}/${sample_dir}"
  # 仅复制contigs.txt到对应样本目录下
  cp "${sample_dir}/contigs.txt" "${target_dir}/${sample_dir}/"
done

方案2：Rsync 单行命令（适合批量快速操作） #

利用rsync的过滤规则，不需要写循环即可实现精准同步：

# 替换末尾路径为你实际的目标存储路径
rsync -av --include='/' --include='contigs.txt' --exclude='' ./ /your/target/directory/path/

规则优先级说明：

• 先匹配--include='/'保留所有样本目录，避免目录被排除后无法同步内部文件
• 再匹配--include='contigs.txt'仅允许同步contigs.txt文件
• 最后--exclude='*'排除所有其他未被包含的文件和目录

方案3：find + cp --parent （自动保留目录结构） #

搭配find筛选目标文件，利用cp原生的--parent参数自动保留上层目录结构：

# 替换末尾路径为你实际的目标存储路径
find ./sample_id* -name "contigs.txt" -exec cp --parent {} /your/target/directory/path/ \;

注意：如果你的样本目录不是以sample_id开头命名，将上述命令中的sample_id*替换为匹配你实际目录的通配符即可。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者CuriousDude