R脚本经Rmarkdown渲染为HTML时循环生成的二级标题格式丢失如何解决

问题原因 #

你开启results='asis'参数后，手动用cat输出的Markdown标题和绘图输出内容之间没有足够的空白分隔，Pandoc解析文档时无法正确识别第二个标题的Markdown格式，就会直接渲染成普通文本。

解决方法 #

调整循环内的换行逻辑，保证每个标题上下都至少有2个空行和其他内容分隔，修正后的代码如下：

variables<-c("Sepal.Length","Petal.Width")
#+ results='asis',fig.height = 3, fig.width = 3

for (v in variables) {
  # 开头加空行和上一段内容分隔
  cat("\n\n## Variable\n\n")
  boxplot(iris[,v],size=1)
  # 绘图结束后加空行和下一段内容分隔
  cat("\n\n")
}

修改后重新执行渲染代码即可看到两个二级标题都能正常渲染：

library(rmarkdown)
render("prueba.R","html_document")

如果需要区分不同变量的标题，还可以把变量名插到标题里cat("\n\n## 变量：", v, "\n\n")，可读性会更好。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Lev