Unix下写入文本时如何给文件名添加路径前缀生成Qiime manifest文件

方案1：使用realpath（最简方案） #

直接替换你原命令中的ls为realpath即可自动输出带完整路径的文件名：

realpath *1.fastq >> forward-manifest.txt
# 生成反向读段manifest执行以下命令
realpath *2.fastq >> reverse-manifest.txt

方案2：使用find命令（全环境兼容） #

如果你的系统没有预装realpath，使用自带的find命令也可以实现同样效果，执行时确保你处于fastq文件所在的目录：

find "$(pwd)" -name "*1.fastq" >> forward-manifest.txt

命令中的$(pwd)会自动读取当前目录的绝对路径，find搜索结果默认输出完整路径格式，符合你的需求。

进阶：一键生成Qiime标准格式manifest #

Qiime导入数据要求的manifest通常为带表头的csv格式，你可以直接运行以下脚本一步生成符合要求的manifest文件，无需分开处理正反读段：

# 先写入表头
echo "sample-id,forward-absolute-filepath,reverse-absolute-filepath" > manifest.csv
# 遍历所有正向读段文件，匹配对应反向读段，写入绝对路径
for r1 in *1.fastq; do
    r2=${r1/_1.fastq/_2.fastq}
    sample_id=${r1/_1.fastq/}
    echo "${sample_id},$(realpath ${r1}),$(realpath ${r2})" >> manifest.csv
done

生成的manifest.csv可以直接用于qiime tools import命令，不需要额外修改。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Geomicro