如何获取Docker运行PSORTb生成的结果并保存到本地？

你可以选择以下任意一种方式获取容器内的结果文件：

方案1：指定结果输出到已挂载目录（最推荐） #

你已经将本地./PSORTb目录绑定到容器内的/home/tdi/PSORTb/路径，只需要在PSORTb命令中添加输出参数，指定结果保存到该共享路径即可，运行完成后直接在本地./PSORTb目录下就能拿到结果：

docker run --mount type=bind,source="$(pwd)"/PSORTb,target=/home/tdi/PSORTb/ --rm -ti "brinkmanlab/psortb_commandline:1.0.2" /usr/local/psortb/bin/psort -i /home/tdi/PSORTb/all_validated_effectors.fasta --negative -o /home/tdi/PSORTb/psortb_result.txt

注：如果PSORTb不支持自定义输出路径，可使用下方其他方案

方案2：新增挂载规则映射结果默认路径 #

直接新增一条绑定挂载规则，将容器内生成的结果文件自动同步到本地：

# 先在本地创建结果保存目录
mkdir -p ./psortb_output
# 运行容器，新增挂载规则和自动拷贝逻辑
docker run --mount type=bind,source="$(pwd)"/PSORTb,target=/home/tdi/PSORTb/ --mount type=bind,source="$(pwd)"/psortb_output,target=/psortb_output --rm -ti "brinkmanlab/psortb_commandline:1.0.2" sh -c "/usr/local/psortb/bin/psort -i /home/tdi/PSORTb/all_validated_effectors.fasta --negative && cp /*_psortb_gramneg.txt /psortb_output/"

运行完成后，本地./psortb_output目录下就会存储生成的结果文件。

方案3：保留容器手动复制结果 #

去掉原命令中的--rm参数，让容器运行完成后不会被自动删除，之后手动拷贝结果：

1. 运行修改后的容器命令：

docker run --mount type=bind,source="$(pwd)"/PSORTb,target=/home/tdi/PSORTb/ -ti "brinkmanlab/psortb_commandline:1.0.2" /usr/local/psortb/bin/psort -i /home/tdi/PSORTb/all_validated_effectors.fasta --negative

2. 运行完成后查询退出的容器ID：

docker ps -a | grep psortb_commandline

3. 替换下方命令中的<容器ID>，将结果拷贝到本地当前目录：

docker cp <容器ID>:/20210910084030_psortb_gramneg.txt ./

4. 不需要保留容器的话可手动删除：

docker rm <容器ID>

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Brandweer73