为什么Git执行分支合并时出现隐式合并、代码重复的异常问题？

问题核心原因 #

1. 行尾符（EOL）配置冲突
   这是该类问题最高发的诱因。大概率你同时启用了Git的自动行尾转换规则与Visual Studio的项目行尾配置，二者规则不统一。比如Git全局配置core.autocrlf=true自动转换Windows格式CRLF为Unix格式LF提交，但VS给项目配置了强制保留CRLF，导致两个分支的同一份代码实际行尾符存在差异：Git做diff时识别为不同内容，出现无差异代码报冲突的情况；合并时又因为行尾转换逻辑混乱，把同一段代码识别为两段新增内容直接拼接，就会触发if块重复、函数重复的问题。
2. 合并基准（merge base）异常
   如果你的分支历史存在过错误变基、硬重置后强制推送、或是意外合并过旧版本提交的情况，Git自动识别的合并基准会偏离两个分支的真实分叉点，指向更早的历史提交。此时Git会把分叉后已经合并过的代码判定为全新变更，直接追加到目标分支，就会出现代码重复、甚至冒出数周前旧版本代码的问题。
3. 合并策略/驱动配置错误
   你可以先执行git config --list检查是否配置过自定义合并驱动，或是给特定代码后缀设置了错误的合并规则，比如把代码文件识别为二进制文件合并、启用了存在问题的第三方合并工具规则，也会导致静默合并错误。

解决方案 #

1. 统一行尾符规则
   首先关闭存在歧义的自动行尾转换：

git config --global core.autocrlf false

在项目根目录新增.gitattributes文件，明确指定所有文件的行尾规则，示例：

*.cs text eol=crlf
*.js text eol=lf
*.json text eol=lf

配置完成后执行以下命令刷新本地文件缓存，消除存量行尾符差异：

git rm --cached -r .
git reset --hard

2. 修正合并基准
   执行命令查看两个分支的真实分叉历史，确认合并基准是否正确：

# 查看分支分叉图
git log --graph --oneline master 你的开发分支名
# 查看Git自动识别的合并基准
git merge-base --all master 你的开发分支名

如果合并基准指向了更早的错误提交，不要用默认合并逻辑，改用变基整理开发分支后再合并：

git checkout 你的开发分支名
# 把开发分支的所有提交移到最新master之后
git rebase master
# 再切回master执行合并
git checkout master
git merge --no-ff 你的开发分支名

3. 合并时禁用自动优化规则
   合并时不要用VS的可视化合并工具，改用Git命令行加patience合并策略，提升大块代码场景的合并准确率：

git merge --no-commit --no-ff -X no-renames -X patience 你的开发分支名

合并完成后不要直接提交，先执行git diff检查所有变更，确认没有异常再提交。
4. 校验文件编码
确认两个分支的同一份文件编码规则一致，避免出现UTF-8带BOM和不带BOM的差异，编码不一致也会导致Git diff识别异常。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者tiffanie