ggplot2使用geom_area绘制堆叠面积图输出结果不符合预期

问题核心原因 #

1. 数据集存在重复行：示例数据中同一个日期的同一变异株（如others）多次重复出现，频率被重复计算，导致堆叠总高度异常，是绘图出错的核心诱因
2. 可选排查项：Date列如果未转换为R识别的日期格式，会导致x轴连续渲染、排序逻辑异常

解决步骤与代码 #

第一步：数据预处理

library(tidyverse)
clean_data <- data %>%
  # 先清理日期列可能存在的多余后缀点，再转换为日期格式
  mutate(Date = stringr::str_remove(Date, "\\.$") %>% as.Date()) %>%
  # 按日期+变异株分组汇总频率，消除重复行影响
  group_by(Date, Variant) %>%
  summarise(Frequency = sum(Frequency), .groups = "drop")

第二步：绘制堆叠面积图

根据需求选择对应绘图逻辑即可：

# 1. 百分比堆叠面积图（总高度固定为1，展示占比变化）
clean_data %>%
  ggplot(aes(x = Date, y = Frequency, fill = Variant)) +
  geom_area(position = "fill", alpha = 0.8) +
  scale_x_date(date_breaks = "1 month", date_labels = "%b-%y", expand = c(0.01, 0)) +
  scale_y_continuous(labels = scales::percent_format()) # 可选：将y轴转换为百分比显示

# 2. 绝对频率堆叠面积图（总高度为所有变异株频率之和）
clean_data %>%
  ggplot(aes(x = Date, y = Frequency, fill = Variant)) +
  geom_area(position = "stack", alpha = 0.8) +
  scale_x_date(date_breaks = "1 month", date_labels = "%b-%y", expand = c(0.01, 0))

内容的提问来源于stack exchange，提问作者asmi.g