如何在R arsenal包tableby函数中补全行、列的缺失值统计项？

解决方案 #

arsenal包的tableby原生支持你需要的新增缺失值统计列的功能，不需要手动拼接计算结果，只需要调整控制参数即可。

你当前看不到Initial Level缺失对应的列，是因为tableby默认会排除公式右侧自变量的缺失值，你只要在tableby.control中新增includeNA = TRUE参数即可，该参数会自动将Initial Level的缺失值作为独立的分组列输出，自动计算每个Current Level分类下对应Initial Level缺失的计数和占比。

调整后可直接使用的代码 #

mycontrols  <- tableby.control(
  test=FALSE, 
  numeric.stats=c("Nmiss", "N", "mean", "median", "q1q3"),
  cat.stats=c("Nmiss2", "countpct"),
  stats.labels=list(N='Count', median='Median', q1q3='Q1,Q3'),
  includeNA = TRUE # 新增该参数，保留自变量缺失值作为独立分组
)
# 注意带空格的变量名需要用反引号包裹，否则运行会报错
summary(tableby(factor(`Current Level`)~`Initial Level`, data = 你的数据集名, control = mycontrols))

如果需要把默认生成的缺失列名从(Missing)改成你想要的N-Miss，直接修改summary输出结果的列名即可，最终输出结构和你预期的理想格式完全一致。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者atirvine88