R语言实现成对比较P值热图 类相关矩阵的显著性可视化方案

针对多组成对比较P值难以批量可视化、难以全部纳入报告的需求，可通过如下方案生成类似相关矩阵的彩色热图，每个方格内直接展示对应组比较的P值。

基于emmeans包的实现方法 #

如果你的成对比较是基于emmeans开展，可直接使用如下代码实现：

# 输出紧凑矩阵格式的P值
p.val.test<-pwpm(emmeans(your_model, "your_factor"),means = FALSE, flip = TRUE,reverse = TRUE) 
# 去除P值中的<、>符号，方便后续数值转换
p.val.test<-sub("[<>]", "", p.val.test)
# 转换为矩阵格式，若分组因子有5个水平，则行列数设为5，可按需调整
p.matx<-matrix(as.numeric((p.val.test)),nrow = length(p.val.test[,1]),ncol = length(p.val.test[,1])) 
# 设置行列名为分组水平名
rownames(p.matx) <- colnames(p.matx) <-colnames(p.val.test)
# 隐藏上三角矩阵内容，避免重复展示成对比较结果
p.matx[upper.tri(p.matx, diag=FALSE)] <- NA
# 转换长表后绘制热图
melt(p.matx) %>%
  ggplot(aes(Var1, Var2, fill = value)) + geom_tile() +
  geom_text(aes(label = value))

注意事项 #

• 运行代码前需先安装并加载所需依赖包：emmeans、ggplot2、reshape2
• 代码中的your_model需替换为你自己拟合的模型对象（如方差分析模型、回归模型等）
• 代码中的your_factor需替换为你要开展成对比较的分组因子名称

内容的提问来源于stack exchange，提问作者learners