如何基于R的survfit对象计算中位生存时间及90%置信区间上下限

解决方法 #

surv_median函数本身不提供置信水平调整参数，它会直接提取survfit对象中预计算的置信区间结果，你只需要在调用survfit时指定置信水平参数即可：

1. 修改survfit调用代码，新增conf.level = 0.9参数
   修改后的plot_boot_data函数示例：

# 绘制bootstrap结果的函数
plot_boot_data <- function(experiments){
  # 新增conf.level参数指定90%置信水平
  fit <- survfit(Surv(time_star, event_star) ~ experiment, data = experiments, conf.level = 0.9)
  # 获取生存分析中位值及90%置信上下限
  med <- surv_median(fit)
  # 此时med中已包含median（中位生存时间）、lower（90%置信下限）、upper（90%置信上限）三个字段
  med_df <- data.frame(med = med$median, lower = med$lower, upper = med$upper)
  ggplot(med_df , aes(x = med, fill= med)) +
    geom_histogram(binwidth = .8)+theme_bw()
}

2. 其余代码无需调整，运行后surv_median返回的结果就是90%置信水平下的计算值。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Henrich