Mac系统启动R或使用knitr编译PDF时弹出报错如何解决

• 你遇到的弹窗是macOS系统要求安装Xcode命令行工具（Xcode Command Line Tools）的触发提示
• R运行、knitr编译PDF时都需要调用部分底层编译类系统工具，这类工具的运行依赖Xcode命令行工具提供基础环境
• 当前设备的Xcode命令行工具要么未安装，要么在系统更新后出现版本不匹配、文件损坏的问题，所以R每次调用相关组件时都会触发该弹窗
• 普通R代码可以正常运行是因为基础运算不需要调用编译类工具，但knitr编译PDF需要调用LaTeX及相关系统命令，所以会执行失败

• 先完全关闭R、RStudio等相关程序
• 打开macOS自带的「终端」应用，执行以下命令触发Xcode命令行工具的安装：
  xcode-select --install
• 在弹出的系统安装窗口中点击「安装」，等待安装完成即可，无需下载完整的几十G的Xcode软件
• 安装完成后执行以下命令验证安装状态：
  xcode-select -p
  返回/Library/Developer/CommandLineTools即代表安装成功
• 重新打开R验证弹窗是否消失，再尝试使用knitr编译PDF即可

如果执行安装命令时提示网络下载失败，可前往苹果开发者官网，下载和你当前macOS版本匹配的Xcode Command Line Tools dmg安装包，手动完成安装。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者ITs Me