R 3.6安装新包报错，咨询arrayQualityMetrics与GEOquery包来源

Hey there! Since R 3.6 is an older release, many packages have dropped support for it, which is why you're hitting installation errors. Let's break down how to get these two packages installed properly:

获取arrayQualityMetrics包 #

这个包属于Bioconductor生态，而R 3.6对应Bioconductor的3.9版本（Bioconductor版本和R版本是严格对应的）。你需要先安装适配的旧版BiocManager，再指定Bioconductor版本来安装：

• 首先安装兼容R 3.6的BiocManager旧版本：

  install.packages("BiocManager", version = "1.30.10")
  

• 接下来设置Bioconductor为3.9版本（匹配你的R 3.6）：

  BiocManager::install(version = "3.9")
  

• 最后安装arrayQualityMetrics：

  BiocManager::install("arrayQualityMetrics", version = "3.9")
  

获取GEOquery包 #

GEOquery现在托管在CRAN，但最新版本不支持R 3.6。你可以通过安装指定的旧版本来解决，这里推荐用devtools的旧版来安装归档包：

• 先安装适配R 3.6的devtools旧版本：

  install.packages("devtools", version = "2.2.2")
  

• 然后用devtools安装兼容R 3.6的GEOquery版本（比如2.50.0，这个版本是适配R 3.6的）：

  devtools::install_version("GEOquery", version = "2.50.0")
  

额外提示 #

• 如果是Windows用户，你需要安装Rtools35（对应R 3.6的编译工具）才能成功编译源码包；Mac用户则需要确保安装了Xcode命令行工具。
• 如果安装过程中提示依赖包缺失，同样需要安装对应版本的依赖包（用相同的方法：BiocManager指定3.9版本，或者devtools安装旧版）。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Refka Ben Hamouda