如何解读R中prop.test针对2组以上数据的估计比例输出

prop 1~prop 4的含义 #

prop.test接收2列矩阵作为输入时，默认规则为：

• 矩阵第一列为每组的成功次数，第二列为每组的失败次数
• 每一行对应一个独立的受试组别

你输出的prop 1到prop 4分别对应四行（按icecream、pancakes、pizza、burger顺序）的第一列数值 / 该行两列数值总和，对应计算如下：

• prop 1：icecream行的11/(11+23) ≈ 0.3235
• prop 2：pancakes行的14/(14+12) ≈ 0.5385
• prop 3：pizza行的25/(25+42) ≈ 0.3731
• prop 4：burger行的34/(34+23) ≈ 0.5965

这个数值和两组数据的重叠率、预测准确率没有任何关系，只是对应行第一列值占该行总和的占比。如果你原本的a、b两列不是同一组试验的成功、失败计数，那你当前使用prop.test的场景本身不符合函数设计逻辑，结果没有实际业务意义。

调换列顺序后结果变化的原因 #

你将列顺序调换为cbind(b,a)后，矩阵第一列变成了b列，此时prop的计算规则变成对应行b值 / 该行两列总和，因此输出的样本占比估计值会全部变化，本质是计算占比的分子从a变成了b。
注意此时卡方值、p值通常不会改变：因为调换两列相当于把所有组的占比换成1-原占比，组间的占比差异程度没有变化，检验的显著性不会受到影响。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者caffeinated goose