为何blogdown目录内编织Rmd文件与目录外输出结果不一致

1. 读取当前Rmd文件的YAML头配置，匹配输出格式规则。如果检测到当前工作目录属于blogdown项目（存在config.toml、config.yaml或站点级_index.md等标识文件），blogdown包会默认覆盖原生rmarkdown的输出配置，优先调用内置站点渲染逻辑。
2. 调用knitr引擎运行Rmd内所有代码块，将代码运行结果、文本内容拼接生成中间markdown文件（即日志中的.knit.md文件）。
3. 调用pandoc工具，按照输出格式对应的参数，将中间markdown文件渲染为最终的输出文件。

blogdown目录下渲染时的pandoc参数和非blogdown目录存在核心差异：

• blogdown目录下默认调用--template /usr/local/lib/R/site-library/blogdown/resources/template-minimal.html极简模板，没有包含bootstrap主题样式、MathJax完整加载配置、静态资源内嵌逻辑，因此出现样式错乱、公式无法渲染的问题，输出文件为临时文件1.html~而非可用的标准html文件。
  
• 非blogdown目录下调用rmarkdown默认的default.html模板，自带完整的bootstrap主题、MathJax CDN配置，同时开启--self-contained参数将所有静态资源内嵌到html文件中，渲染效果符合预期。
  

单文件指定输出格式 #

仅需要调整单个Rmd的渲染效果时，直接在Rmd文件的YAML头明确指定输出格式，覆盖blogdown的默认配置即可：

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title: "文档标题"
output: html_document
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点击knit后会直接走rmarkdown原生的html_document渲染逻辑，和非blogdown目录下的输出效果完全一致。

全局修改项目默认配置 #

如果需要整个blogdown项目下所有Rmd手动knit时都默认生成标准html_document，在项目根目录的.Rprofile文件中添加如下配置：

options(blogdown.knit.on_save = FALSE, blogdown.knit.output = "html_document")

修改完成后重启R会话即可生效，后续项目内所有Rmd点击knit都会默认使用标准html_document格式渲染。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者NickZeng