R语言中nest()函数嵌套列时为何会合并行、导致输出行数减少？

• 核查非嵌套列的重复情况：tidyr的nest()逻辑为将除指定嵌套列外的所有列作为分组键，分组键完全一致的行会被合并为同一行，对应嵌套列会包含所有匹配行的内容。执行代码fullfile %>% select(!c(starts_with("C", ignore.case = FALSE), "DI")) %>% duplicated() %>% sum()统计重复行数量，若结果为13（1755-1742）即可确认是该原因。
• 检查是否存在未注意的隐藏列/索引列参与分组：部分导入操作会自动生成行号、索引类隐藏列，若这类列存在重复值也会触发行合并。执行names(fullfile)、glimpse(fullfile)确认所有列的属性和用途，排除无关列的干扰。
• 验证包版本兼容性：tidyr 1.0.0前后版本的nest()逻辑存在差异，部分旧版本存在分组键识别的bug。执行packageVersion("tidyr")查看版本，升级到最新稳定版后重新运行代码验证结果是否一致。
• 确认数据是否真的丢失：先对嵌套后的结果执行unnest(alleles)恢复长表，再统计概率列的总和，若和原数据总和一致则说明仅发生了行合并，没有数据丢失，你观测到的总和微小差异大概率来自浮点计算精度误差。
• 排查非嵌套列的NA值影响：部分版本的dplyr会将不同行的NA判定为相等，导致含NA的行被合并。执行fullfile %>% select(!c(starts_with("C", ignore.case = FALSE), "DI")) %>% is.na() %>% sum()统计非嵌套列的NA数量，验证NA行是否和被合并行重合。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者PGSA