Seurat VlnPlot不显示小提琴曲线？MS组仅显竖线带散点原因查询

核心原因 #

MS组无法生成小提琴分布，大概率就是该组绝大多数细胞的目标基因表达值为0：

• 小提琴图的分布轮廓基于核密度估计生成，当一组数据中95%以上的数值都集中在0位点时，核密度估计结果会被压缩在0值附近，最终仅呈现为一条竖线，无法形成两侧的分布轮廓。
• 你提供的示例图中MS组的散点也集中在竖线的几个离散位点，进一步验证了该组非零表达的细胞数量极少，没有足够的连续分布数据拟合出小提琴曲线。

验证方法 #

你可以运行如下代码验证结论：

# 统计MS组和对照组中目标基因表达量>0的细胞数
table(
  group = Idents(your_seurat_obj),
  express = your_seurat_obj[["RNA"]]@data["your_gene_name", ] > 0
)

运行后可以直接看到两组的阳性细胞占比，确认MS组是不是绝大多数细胞该基因无表达。

小概率排查项 #

如果验证后MS组阳性细胞占比不低，可以检查两个问题：

• MS组的总细胞数是否过少：如果该组细胞数低于50个，也可能因为样本量不足无法拟合核密度曲线
• 绘图参数是否被限制：可以尝试调大核密度带宽重新绘图：VlnPlot(your_seurat_obj, features = "your_gene_name", adjust = 2)，如果调整后还是只有竖线，就完全可以确定是表达量集中为0导致的。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Andrew。