R语言igraph包图对象列表构建及批量调用保留原变量名咨询

问题1：高效创建图对象集合 #

你无需手动拼接列表，可以直接从全局环境中筛选所有igraph类对象，自动生成带原变量名的列表：

# 筛选当前全局环境中所有属于igraph类的对象名
graph_names <- ls(envir = .GlobalEnv)[sapply(ls(envir = .GlobalEnv), function(v) inherits(get(v), "igraph"))]
# 生成命名列表，列表键为原变量名，值为对应的图对象
G <- setNames(lapply(graph_names, get), graph_names)

如果只需处理指定的部分图对象，直接把要处理的变量名写为字符串向量即可，无需考虑命名规律：

# 按需指定要处理的图对象变量名
graph_names <- c("CC1", "g2", "CT3", "CC1T3")
G <- setNames(lapply(graph_names, get), graph_names)

问题2：批量调用时保留原变量名 #

首先修正原Sfn函数的两个问题：一是eigen_centrality()返回的是列表，需取$vector获取节点中心度值，否则会报错；二是增加可选的Name参数，支持手动传入文件名前缀，避免循环中substitute()只能拿到循环变量名的问题：

Sfn <- function(x, Name = NULL) {
  # 未传入Name时自动读取传入变量的名称
  if (is.null(Name)) {
    Name <- deparse(substitute(x))
  }
  Nodes <- V(x)$name
  Dtotal <- degree(x, mode="all")
  Eigenvector <- eigen_centrality(x)$vector
  
  statistics_table <- data.frame(Nodes,
                                 Dtotal,
                                 Eigenvector)
  colnames(statistics_table) <- c("Nodes","Total Degrees",
                                  "Eigenvector centrality")    
  write.table(statistics_table, 
              file = paste0("Table_of_",Name,"_nodes.csv"),
              sep=",",
              row.names = F)
  print(paste0("处理完成：", Name))
}

批量调用方法 #

方法1：for循环遍历

for (g_name in names(G)) {
  Sfn(G[[g_name]], Name = g_name)
}

方法2：purrr包迭代（更简洁）

library(purrr)
# iwalk会自动将列表值作为第一个参数，列表键作为第二个参数传入函数
iwalk(G, Sfn)

内容的提问来源于stack exchange，提问作者PGCD