CentOS7系统安装PyMOL时遇到glm相关编译错误该如何解决

• 该问题由glm库版本和PyMOL源码的API不匹配导致：
  • CentOS 7官方源提供的glm-devel 0.9.6版本中，没有公开的glm::equal三参数（两个向量+浮点容差）重载实现，该重载是glm 0.9.9及以上版本才新增的特性
  • 你当前编译的PyMOL版本是基于新版glm开发的，源码直接调用了新版的三参数equal函数，旧版glm找不到对应实现，因此抛出匹配失败的报错。

你可以根据自身需求任选以下一种方案处理：

方案1：替换系统glm为高版本（推荐） #

1. 先卸载系统自带的旧版glm：

sudo yum remove -y glm-devel

2. 下载glm 0.9.9或更高版本的源码压缩包，解压后直接将头文件复制到系统头文件目录：

# 假设解压后的目录为glm-0.9.9.8
cd glm-0.9.9.8
sudo cp -r glm /usr/local/include/

3. 重新编译PyMOL，编译时指定优先读取/usr/local/include下的头文件：

# 在PyMOL的build目录下执行
cmake .. -DCMAKE_INCLUDE_PATH=/usr/local/include
make -j$(nproc)
sudo make install

方案2：使用兼容旧版glm的PyMOL版本 #

拉取PyMOL 2.3.0及更早版本的源码重新编译即可，该版本的源码未使用新版glm的equal重载，和CentOS7默认的glm 0.9.6版本适配。

方案3：修改PyMOL源码适配旧版glm #

打开报错文件layer1/SceneView.cpp，定位到第34行的equal调用代码，将形如：

glm::equal(vec_a, vec_b, epsilon_float)

的代码替换为适配旧版glm的写法：

glm::all(glm::lessThan(glm::abs(vec_a - vec_b), glm::vec3(epsilon_float)))

修改后直接重新执行编译命令即可，无需调整依赖版本。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Yeping Sun