如何绘制多组分组dot plot并添加中位数与置信区间

依赖包准备 #

首先安装并加载所需的R包：

# 首次运行先安装依赖
install.packages(c("ggplot2", "dplyr", "Rmisc"))
# 加载包
library(ggplot2)
library(dplyr)
library(Rmisc)

数据准备 #

你可以直接替换下方示例数据为你的真实数据集，结构要求包含3列：分组状态、物种、目标血液标志物数值：

# 示例数据构造，可直接替换为真实数据
set.seed(123)
data <- data.frame(
  状态 = rep(c("健康", "乳腺炎", "亚临床乳腺炎"), each = 40),
  物种 = rep(c("奶牛", "水牛"), each = 20, times = 3),
  白蛋白 = c(rnorm(20, 35, 3), rnorm(20, 33, 2.5),
             rnorm(20, 28, 4), rnorm(20, 26, 3.5),
             rnorm(20, 31, 3), rnorm(20, 29, 2.8))
)

# 计算各组中位数、95%置信区间
stat_data <- summarySE(data, measurevar = "白蛋白", groupvars = c("状态", "物种"), conf.interval = 0.95)

绘图代码 #

ggplot(data, aes(x = 状态, y = 白蛋白, color = 物种)) +
  # 绘制散点，设置抖动避免重叠，同物种的点会归为一组
  geom_jitter(
    position = position_jitterdodge(jitter.width = 0.2, dodge.width = 0.7),
    size = 2, alpha = 0.7
  ) +
  # 绘制中位数横线
  geom_errorbar(
    data = stat_data, aes(y = 白蛋白, ymin = 白蛋白, ymax = 白蛋白),
    position = position_dodge(width = 0.7), width = 0.3, linewidth = 1.2
  ) +
  # 绘制95%置信区间
  geom_errorbar(
    data = stat_data, aes(ymin = 白蛋白 - ci, ymax = 白蛋白 + ci),
    position = position_dodge(width = 0.7), width = 0.2, linewidth = 0.8
  ) +
  # 自定义配色与标签
  scale_color_manual(values = c("奶牛" = "#1f77b4", "水牛" = "#ff7f0e")) +
  labs(x = "分组状态", y = "白蛋白浓度 (g/L)", color = "物种") +
  theme_bw() +
  theme(
    axis.text = element_text(size = 11),
    axis.title = element_text(size = 13),
    legend.position = "top"
  )

调整说明 #

• 如需绘制其他血液标志物，将代码中所有白蛋白替换为对应变量名即可
• 调整summarySE中的conf.interval参数可修改置信区间水平，例如设为0.9即使用90%置信区间
• 不需要显示置信区间可直接删除第二个geom_errorbar代码段，不需要中位数可删除第一个geom_errorbar代码段
• 修改scale_color_manual中的色值可自定义两个物种的散点颜色

内容的提问来源于stack exchange，提问作者M. Samir