如何在gtsummary生成的回归表中log(OR)列前添加OR列

实现说明 #

该需求可以实现，通过gtsummary内置的自定义表格接口即可完成操作，具体思路和代码如下：

核心思路 #

• OR值本质是log(OR)（即回归原始系数estimate）的指数转换结果，直接对现有系数列做指数运算即可得到对应OR值
• 调用modify_table_body()访问表格底层数据框，新增OR值列
• 使用modify_column_relocate()调整列顺序，将OR列移动到log(OR)列之前
• 对新增的OR列设置显示标签、数值格式化规则，和原有表格的输出风格保持统一

完整可运行代码 #

library(tidyverse)
library(gtsummary)

dat <- 
  iris %>% 
  filter(Species != "setosa") 

glm(Species ~ ., family = binomial(), data = dat) %>% 
  tbl_regression() %>% 
  modify_column_hide(columns = ci) %>% 
  modify_column_unhide(columns = std.error) %>%
  # 新增OR列，为log(OR)的指数值
  modify_table_body(
    ~ .x %>%
      mutate(or = exp(estimate))
  ) %>%
  # 设置OR列的显示标签
  modify_column_set_label(or = "OR") %>%
  # 将OR列移动到log(OR)列（对应底层列名为estimate）之前
  modify_column_relocate(or, .before = estimate) %>%
  # 设置OR列保留2位小数，匹配gtsummary默认输出格式
  modify_fmt_fun(or = function(x) style_number(x, digits = 2))

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Tengku Hanis