gtools::mixedorder搭配dplyr::arrange出现异常排序问题

这个问题本质是对两个函数的功能理解有误导致的，核心差异如下：

• gtools::mixedorder()返回的是索引向量：它的作用是给出将输入向量自然排序所需的原行位置，你的示例中mixedorder(test$V1)的返回值为 c(1,9,10,11,12,13,14,15,16,2,3,4,5,6,7,8)，含义是「自然排序后的第一行是原数据第1行，第二行是原数据第9行，最后一行是原数据第8行」。
• dplyr::arrange()的逻辑是将传入的表达式结果作为排序键，按键的大小升序排列行：你将mixedorder(V1)传入arrange时，它会把这个索引向量直接当做排序键，按每个行对应键的大小排序。

对应你的示例：原数据第9行（V1为all13_LG2的行）对应的排序键是mixedorder(V1)[9] = 16，是所有键值里最大的，所以会被排到最后，完全符合你观测到的错误结果。

而dplyr::slice()的功能就是直接按传入的索引顺序提取行，刚好匹配mixedorder()返回索引的设计，所以结果符合预期。

不属于bug，是函数用法错误导致的问题。

如果要用arrange实现自然排序，可选以下两种写法：

1. 用gtools::mixedrank()代替mixedorder()，mixedrank()返回的是每个元素对应的自然排序名次，刚好匹配arrange的排序逻辑：

test2 <- test %>% arrange(gtools::mixedrank(V1))

2. 将V1转为因子，层级指定为自然排序后的结果：

test2 <- test %>% arrange(factor(V1, levels = gtools::mixedsort(V1)))

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Anneke