Scientific Linux7.9安装含Cython的Python包时gcc找不到已在include路径的Python.h

首先排除权限问题 #

你不需要执行chown修改目录权限，你给出的ls结果显示Python.h的权限为rw-r--r--，所有用户都拥有读取权限，同环境其他机器无需权限操作也能正常安装也验证了这一点。

核心问题根源 #

查看编译日志中gcc的头文件搜索参数：你给出的编译命令里明确指定了-I/opt/rh/rh-python38/root/include/python3.8，但你实际的Python.h存放在/opt/rh/rh-python38/root/usr/include/python3.8/，二者差了/usr层级，导致gcc无法找到头文件。
这个错误是当前你使用的Python虚拟环境的配置异常导致的：setuptools在构建扩展时读取到了错误的Python头文件路径。

解决步骤 #

• 第一步：验证路径错误
  执行以下命令确认当前Python读取到的头文件路径是否异常：

  python -c "import sysconfig; print(sysconfig.get_path('include'))"
  

  如果输出结果为/opt/rh/rh-python38/root/include/python3.8即可确认问题。
• 第二步：临时修复（单次编译生效）
  执行以下命令手动添加正确的头文件路径到gcc搜索目录，再执行安装：

  export CPATH=/opt/rh/rh-python38/root/usr/include/python3.8:$CPATH
  python setup.py install
  

• 第三步：永久修复
  先删除当前异常的虚拟环境，重新创建虚拟环境：

  # 先激活rh-python38官方环境
  source /opt/rh/rh-python38/enable
  # 再用官方Python创建新的虚拟环境
  python -m venv 你的虚拟环境路径
  # 激活新虚拟环境后再安装包即可
  

内容的提问来源于stack exchange，提问作者jon_two