R绘制TPM基因表达热图如何添加颜色标尺及显示全部基因名称

问题解决方案 #

你用的是R基础包的heatmap()函数，两个问题的解决方法如下：

1. 添加颜色标尺 #

基础heatmap()函数本身支持生成颜色标尺，你只需要在调用时添加legend = TRUE参数即可。如果需要自定义颜色映射范围和色板，可以搭配col参数调整：

# 自定义蓝白红三色渐变板，适配行缩放后的表达量数值
my_col <- colorRampPalette(c("navy", "white", "firebrick3"))(100)
heatmap(exp.data_matrix, Rowv=NA, Colv=NA, scale="row", 
        legend = TRUE, col = my_col)

如果出现色条和热图重叠的问题，可以通过margins参数调大画布边距避免遮挡。

2. 完整展示所有基因名称 #

基因名显示不全通常是行边距不足、或是基因数量过多导致字号被自动压缩，两种解决方法可按需选择：

• 方法1：直接调整heatmap()的边距和行名字号

heatmap(exp.data_matrix, Rowv=NA, Colv=NA, scale="row", 
        legend = TRUE, col = my_col,
        margins = c(5, 10), # 第一个数值为列边距，第二个为行边距，基因名越长可把第二个数值调得越大
        cexRow = 0.8) # 调整行名字号，基因数量越多可以设置越小的数值

• 方法2：基因数量较多的场景更推荐用pheatmap包绘制热图，对行名、色条的适配更友好，示例代码如下：

# 首次使用先安装包：install.packages("pheatmap")
library(pheatmap)
pheatmap(exp.data_matrix, 
         cluster_rows = F, cluster_cols = F, # 对应你原代码不进行行列聚类的需求
         scale = "row",
         show_rownames = T,
         fontsize_row = 6, # 按需调整行名字号
         treeheight_row = 0, treeheight_col = 0) # 隐藏聚类树

你当前生成的热图效果如下：

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Juhee