owlready2查询Drug类实例报sqlite3.OperationalError如何解决

该sqlite3.OperationalError: circular reference: prelim1_objs报错为Owlready2的常见事务处理问题：Owlready2底层依赖SQLite实现三元组存储，with onto:语句为本体操作的事务上下文块，你当前将实例创建代码写在了上下文块之外，相关实例写入操作没有被自动提交到底层存储队列，调用instances()方法查询实例时，SQLite无法识别未完成的实例引用，就会触发循环引用报错。

有两种可行修复方案：

• 方案一：将实例创建逻辑全部移入with onto:上下文块内，依靠上下文自动提交事务，修复后的代码如下：

from owlready2 import *
onto = get_ontology("https://test.org/onto.owl")
with onto:
    class Drug(Thing):
        pass
    # 实例创建逻辑移到上下文块内
    my_drug1 = Drug("my_drug1")
    my_drug2 = Drug("my_drug2")
    my_drug3 = Drug("my_drug3")
    my_drug4 = Drug("my_drug4")
    
for i in Drug.instances(): 
    print(i)

• 方案二：如果业务逻辑需要在上下文块外创建实例，在创建完成后手动调用onto.commit()提交事务后再做查询，修复后的代码如下：

from owlready2 import *
onto = get_ontology("https://test.org/onto.owl")
with onto:
    class Drug(Thing):
        pass

my_drug1 = Drug("my_drug1")
my_drug2 = Drug("my_drug2")
my_drug3 = Drug("my_drug3")
my_drug4 = Drug("my_drug4")
# 手动提交本体事务
onto.commit()

for i in Drug.instances(): 
    print(i)

内容的提问来源于stack exchange，提问作者user10272343